Perubahan

Di awal 1990-an, dua pondok pesantren Muhammadiyah berdiri di Jawa Tengah. Pertama, di Kudus yang bermula dari pesantren SMA Muhammadiyah Kudus pada 1990 dan kedua, di Sukoharjo yang juga bermula dari pesantren MTs Muhammadiyah Blimbing pada 1994 yang kemudian dikembangkan tiga tahun kemudian menjadi SMA Muhammadiyah Pondok Pesantren Imam Syuhodo. Perkembangan pesantren Muhammadiyah di periode ini adalah model pesantren sekolah.

Di awal 1990-an, dua pondok pesantren Muhammadiyah berdiri di Jawa Tengah. Pertama, di Kudus yang bermula dari pesantren SMA Muhammadiyah Kudus pada 1990 dan kedua, di Sukoharjo yang juga bermula dari pesantren MTs Muhammadiyah Blimbing pada 1994 yang kemudian dikembangkan tiga tahun kemudian menjadi SMA Muhammadiyah Pondok Pesantren Imam Syuhodo. Perkembangan pesantren Muhammadiyah di periode ini adalah model pesantren sekolah.

Akhir dekade pertama 2000-an, hadir tren baru pondok pesantren Muhammadiyah dengan brand Muhammadiyah Boarding School (MBS). MBS yang pertama muncul adalah MBS di Bokoharjo, Prambanan, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Bermula dari inisiatif kader muda Muhammadiyah di wilayah Prambanan yang prihatin atas minimnya kader, lalu muncul gagasan untuk mengembangkan sekolah yang sudah ada yakni SMP Muhammadiyah 1 Prambanan untuk dikembangkan dengan kurikulum terpadu sekolah dan pesantren layaknya di Kudus dan Sukoharjo.  

Akhir dekade pertama 2000-an, hadir tren baru pondok pesantren Muhammadiyah dengan ''brand'' Muhammadiyah Boarding School (MBS). MBS yang pertama muncul adalah MBS di Bokoharjo, Prambanan, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Bermula dari inisiatif kader muda Muhammadiyah di wilayah Prambanan yang prihatin atas minimnya kader, lalu muncul gagasan untuk mengembangkan sekolah yang sudah ada yakni SMP Muhammadiyah 1 Prambanan untuk dikembangkan dengan kurikulum terpadu sekolah dan pesantren layaknya di Kudus dan Sukoharjo.  

Setelah disetujui Pimpinan Cabang Prambanan, diskusi pengembangan SMP Muhammadiyah 1 Prambanan berlanjut dengan studi banding ke beberapa pesantren di Jawa Tengah dan Jawa Timur. Sekembali dari studi banding, muncul perbedaan pandangan antara tim pengembang dan tenaga pendidik di SMP Muhammadiyah 1 Prambanan karena tidak semua bersepakat dengan berbagai pandangan. Setelah beberapa kali dilakukan diskusi dan mediasi tidak membuahkan hasil, akhirnya konsep yang direncanakan kembali mentah. Tim pengembang kemudian berkonsultasi kepada Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM) DIY untuk persiapan pendirian pesantren.

Setelah disetujui Pimpinan Cabang Prambanan, diskusi pengembangan SMP Muhammadiyah 1 Prambanan berlanjut dengan studi banding ke beberapa pesantren di Jawa Tengah dan Jawa Timur. Sekembali dari studi banding, muncul perbedaan pandangan antara tim pengembang dan tenaga pendidik di SMP Muhammadiyah 1 Prambanan karena tidak semua bersepakat dengan berbagai pandangan. Setelah beberapa kali dilakukan diskusi dan mediasi tidak membuahkan hasil, akhirnya konsep yang direncanakan kembali mentah. Tim pengembang kemudian berkonsultasi kepada Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM) DIY untuk persiapan pendirian pesantren.